К I классу относятся HLA-A-, В-, С-локусы и их серологически выявляемые антигены. Продуктом генов I класса являются глюкопротеиновые молекулы, присутствующие на поверхности всех ядросодержащих клеток.

Регион II класса (D-регион) системы HLA состоит из 5 субрегионов: DR, DQ, DP, DO и DN. Гены этого класса кодируют антигенные специфичности, выявляемые серологически и в клеточно-опосредованных реакциях. Их определяют на клеточной мембране В-лимфоцитов, клетках макрофагально-моноцитарой системы, активированных Т-лимфоцитами.

Регион III класса содержит гены, кодирующие некоторые компоненты комплемента (С2, С4).

HLA-гены и кодированные ими антигены играют ведущую роль в процессах клеточного распознавания “своего” и “чужого”, определяют предрасположенность к заболеваниям, особенно с иммунологическим патогенезом, влияют на интенсивность иммунного ответа, вызывают реакции трансплантационного иммунитета (отторжение трансплантата, реакция “трансплантат против хозяина”).